薄皮甜瓜常见的病害有炭疽病、霜霉病、蔓枯病、疫病、白粉病、细菌性角斑病、根结线虫病等，常见的虫害有蚜虫、白粉虱、斑潜蝇等。薄皮甜瓜病  虫害防治要坚持“以防为主、综合防治”的原则，优先使用农业、物理和生物防治，科学合理使用化学防治。

1.农业防治

      常用方法有：选用健康种子，温汤浸种后播种到灭菌的基质中；合理施用氮、磷、钾肥，多施充分腐熟的有机肥料，以满足植株生长需要，提高抗病力；直播薄皮甜瓜实行3年以上倒茬轮作，采用嫁接方式，有效减少土传病害发生；及时拔除病株，摘除病叶、病果，注意通风排湿。

2.物理防治

      在现线久风口处安装50目防虫网，阻断外界害虫迁飞或者随气流进入棚室内；采用黄板诱杀蚜虫和白粉虱等害虫，在虫害发生前将悬挂于甜瓜植株上15～20 cm处，高度随甜瓜生长不断调整，每667 m2需20 cm×30 cm的黄板30～40块；用杀虫灯诱杀鞘翅目、鳞翅目类害虫，一般底部距地面1.2～1.5 cm。

3.生物防治

      积极保护利用害虫天敌和寄生者，如利用七星瓢虫和龟纹瓢虫等防治蚜虫，丽蚜小蜂防治白粉虱。

4.化学防治

      化学防治应注意合理搭配、轮换使用高效、低毒农药。应选择天气晴朗的上午，叶表干燥时喷药。