根腐病、青枯病和疫病均可借灌水、施肥等田间操作传染，进行再侵染。老棚室和连年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不断增加，发病加重。棚室内通气不良，高温高湿有利于病害的发生；特别是在灌水和培土后，土壤板结，根部通气不良时，会加速病害的发生发展。 

   ⑴持合理轮作：前茬以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作，以有效地阻断发病源。
   ⑵加强棚室管理：随时做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，以控制病害发生条件；科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌，严防土壤积水；注意做好浅中耕，避免土壤板结，但不要过早过深培土；增施以有机肥为主的磷钾肥料，促进根叶稳健生长，增强植株生理抗性。
   ⑶注意清洁田园：随时掌握辣椒生长状况，一旦发现病株要及时拔除，带出棚外集中烧毁或深埋，并随即清除病穴土壤，喷灌石灰水或药剂对病穴进行消毒处理，以控制病菌的传播蔓延。

   ⑷做好药剂防治：对辣椒根部病害要早发现、早防治，要抓住发病初期及时用药防治。注意：药剂要交替使用，防止产生抗药性，降低防治效果。